在财政改革方面，与历代执政者羞于言利截然不同，高拱的‘义利观’中，首次不避讳的提出‘聚人曰财，理财曰义’的公利观。要求各级官吏分清公利和私利，如果是为国家创造财富，则‘利即是义’，如果仅仅为了个人虚名而不为国家创造财富，即是不义。
在这种思想的指导下。高拱认为生财是圣贤有用之学。‘夫《洪范》八政，首诸食货；《禹谈》三事，终于厚生。’所以理财乃王政之要务也！
这不仅仅是对宋明理学的非功利主义的大力批判，其真正目的也是要号召各级官府，注意经济生活方面的实际学问，为隆庆朝的经济复苏和财政缓解做实际的工作。
那具体又是如何去做呢？
与历代统治者一想到生财，便是‘多取于民’不同。高拱认为若想生财，不能只靠压榨姓以聚敛钱财，而是应当‘开财之源’和‘节财之流’。
先说节流，高拱认为有‘节用’和‘储蓄’组成。所谓‘节用’，就是朝廷将每年所入算计了，才去支用。凡无益的兴作，无名的赏赐，不经的用度，都减省了。这样不仅可以减轻百姓负担，还能将这些节省下来的费用，及时用于救灾和军费。
至于‘储蓄’，更是被高拱提高到‘国之大事’的高度，那么用何种方法进行储蓄，国家每年的收入应该怎样分配才算合理呢？高拱提出‘三而有一’之法，即将每年收入均分为四，消费支出占四分之三，节余的四分之一用于储蓄。这样累计储蓄三年，就可以达到年收入的四分之三，恰好多供一年之食。顺此类推，九年便可得到供三年支出的结余，这样即使‘年不顺成’，或遭遇荒年，也能做到有备无患，可恃不恐。
那又该怎样‘开财之源’呢？高拱除了传统的兴修水利，限制兼并，还耕于民之外，还给予工商业和金融业以前所未有的定位。之前，‘重本抑末’一直是各朝各代所奉行的基本经济政策，历来为统治者所推崇。虽然自成化以来，便有不少重视商业的呼声，然而真正能站在执政地位上，将重商恤商见解，转变为全国性的实践经济政策的，是高拱。他认为，农业关乎国计民生，给予其重视是应该的，但在另一方面，却不能忽视工商业的发展。
当然，在高拱看来，农业才是立国之本，只要人人有土地，人人勤劳作，国家才能有源源不断的财富。而其重商思想是在其重农思想之上产生的，他看到了农商之间的根本关系，也就是：商业自古以来就是互通有无的一个行业，如果农业取得了大丰收，但是却没有商人这个中介将农产品投放到市场中，那么农民就不会获得利益，丰年便与灾年无异；如果适逢灾年，也可以通过商人，将别处的粮食贩运过来，农民用丰年时的获利购买。这样看来农业和商业之间的关系是相互依存的，发展工商业的同时也可以进一步带动农业的发展。
至于如何发展工商业，高拱提出首先要提高商人的地位。上疏请求皇帝革除宿弊，不再巧立名目、滥加盘剥，任意压榨商人，亦不得再暗索商人打点之费，不得刁难欺压商人。对于和商人进行买卖，朝廷应当按物估价，以市场价格收购，且不得拖欠货款，即使一时库中乏银，也应当从他处挪移，以保护商人的利益。并下诏各衙门，备查先朝官民如何两便，其法安在，提请而行。
当然，高拱所指的商人，其实是小商小贩小手工业者，对于东南那些大商人，大工场主，他并没有给出评价，也没有什么针对性的政策出台。
具体的财政改革，由张居正操刀，其实嘉靖末年执掌户部起，他就一直在着力推行中，只是因为其法被徐阶、葛守礼、赵贞吉这些当权老臣视为冒进，处处加以阻挠，所以举步维艰。但是数年下来，也在各方面有了不小的进展，此刻在高拱全面改革的大旗下，自然得以和盘托出了。
张居正的改革方案，由三大部分组成，削减开支、税赋改革，以及币制改革。
先说第一个削减开支，除了高拱所言的那些‘无益的兴作，无名的赏赐，不经的用度’一概进行削减外，他的着手点在‘宗藩世禄’和‘冗官冗员’上。
宗藩世禄乃大明财政危机的主要原因之一，这已经是朝野共识了。在河南、湖广、四川等许多宗藩密集之地，每年所收入的钱粮，甚至都不足以支付给宗室的世禄。宗室这个吸血鬼、寄生虫，终于要把宿主的血吸干了。
从嘉靖初年开始，礼部就提议将皇子封为郡王，亲王子封为镇国将军，这种降封的办法来减少开支。但是多因为宗室的强烈反对而作罢。直至嘉靖末年，颁发了《宗藩条例》，才以法规的形式，对王室特权作了限制，一是削减宗禄，二是规定如果亲王无后，那么同宗不能继承爵位，但是皇亲贵族仍然享有许多的特权。
到了隆庆年间，大臣多次上疏要求修改《宗藩条例》，要求采取更有力的措施来抑制王室的特权，但最终都无疾而终。现在高拱复出，时机成熟，张居正便果断出手，授意礼部仪制司郎中戚元佐疏曰：
‘国初亲王、郡王、将军才四十九位，现在玉牒见存者二万九千四百九十二位，与国初相比不啻千倍，以今年全部收入供给尚不足所需之半。故请：
一、限封爵人数。亲王嫡长子袭亲王，嫡庶次子许封其三，郡王嫡长子例袭郡王，嫡庶次子许封其二；镇国将军嫡许封其一，无嫡止许庶子一人请封；其镇辅奉国中尉不论嫡庶只许封一子。凡不得封者，量给资、赐章服。
二、严继嗣资格。宗室无嗣，不得援兄终弟及之例，亦不得以弟子嗣。亲王、郡王有绝嗣者，止推一人管理府事，不得冒请复继王爵。
三、别疏属。国制郡王七世孙以下封奉国中尉。今后奉国中尉再传不必赐封，止将所生第一子给银五百两，余听自便。